De enkelvoudige C-C binding in alkanen is vrij draaibaar. Het molecuul zal dan altijd proberen een zo gunstig mogelijke vorm (conformatie) aan te nemen.
Moleculen kunnen dezelfde molecuulformule hebben maar ruimtelijk anders zijn opgebouwd. Dit heet ISOMERIE. Dat leidde vroeger weleens tot verwarring.
Zo zijn er bijuvoorbeeld 5 isomeren van de stof met formule C6H14 (hexaan).
Als er behalve alkyl-groepen ook nog andere atomen of atoom-groepen in het molecuul zitten wordt het nog ingewikkelder.
Daarnaast is er ook nog de mogelijk om alkanen te breken in kleinere moleculen.
Dit heet KRAKEN.